Présentation du projet CorePom et développement des analyses génétiques en cours.    

mise à jour Avril  2024

Comme l'avait annoncé Laurence Feugey à l'AG de Surgères en avril 2010 : «  les variétés anciennes de pommiers sont conservées, en France, par de nombreux acteurs et constituent un réservoir de diversité qu'il est nécessaire de mieux explorer en vue d'une diversification de la création variétale. »

Précédemment, la Fondation pour la Recherche Scientifique sur la Biodiversité avait lancé un appel d'offres national pour des projets innovants. Parmi les 418 propositions soumises, 53 ont été retenues, dont le PROJET COREPOM , présenté par l' INRA, en septembre 2009.

« Ce projet consiste à une mise à jour de la base nationale de données des collections de ressources génétiques, …, à l'analyse moléculaire de la structuration des collections étudiées et à la définition d'une Core collection (collection centrale de référence.) optimisée en vue d'études génétiques qui consistent à relier un caractère phénotypique d'une variété avec la présence et l'expression d'un ou plusieurs gènes dans le génome de cette variété.»

Ce projet associe l'INRA d'Angers et 14 autres partenaires, dont les Croqueurs de pommes.

Notre   participation consistait à choisir les variétés à étudier et pour chacune d'elles, envoyer 3 feuilles à l'INRA qui réalisait une analyse génétique selon les mêmes principes que celle des enquêtes criminelles.

Schéma des marqueurs génétiques

(Source INRA)

Ainsi, en 2012, plus de 2000 échantillons avaient été « génotypés » à l'aide de 24 à 29 marqueurs répartis judicieusement sur les 2 fois 17 chromosomes du génome des pommiers.

Le détail des résultats a été transmis à toutes les Associations locales participantes.

Quelques exemples :

• 63% des analyses correspondent à un échantillon unique. Ce qui signifie que ces fruits ne sont pas rencontrés sous un autre nom dans les 2246 variétés étudiées en 2013.
• 395 groupes de doublons ont été identifiés. Ils présentent le même profil de marqueurs moléculaires avec des noms identiques ou différents. Le « record » est de 72 noms différents pour le même profil.
• 508 analyses ont confirmé des fruits triploïdes (3 fois 17 chromosomes) , mais pour toutes les autres ce sont des diploïdes (2 fois 17 chromosomes) .

L’étude de tous ces résultats a permis à chaque participant d'en retirer les informations spécifiques qui les intéressaient particulièrement :

• L’INRA, a pu répertorier et localiser tous les gènes de pommiers. Cela permettra aux techniciens d’établir la liste des variétés que doit contenir une collection minimale de pommiers (Core-collection) regroupant la totalité des gènes de l’espèce. Les chercheurs pourront sélectionner plus facilement ceux qui leur permettront de créer de nouvelles variétés.
• Les Croqueurs (et les autres associations participantes) se sont plus particulièrement intéressés à l’analyse génétique des variétés étudiées pour compléter leur description, pour vérifier si les synonymes sont vrais ou faux et pour s‘assurer qu’une même variété ne soit pas présente ailleurs, sous un autre nom, ce qui est courant.

Bien que les buts de l’INRA aient déjà été atteints par cette première opération, nous avons obtenu une deuxième campagne d’analyses d’un millier de variétés, ce qui devrait nous permettre de poursuivre notre tri de doublons et synonymes. Il nous reste à comparer les aspects physiques, visuels, et autres de ces doublons pour affiner où sont les nuances qui nous faisaient penser à une différence de variété. Les résultats attendus au cours de 2015 devraient nous révéler encore quelques surprises !

 -  En 2015 cette seconde série d'analyses nous conduit à 3692 accessions (envois) de variétés, qui sont regroupées pour une partie seulement, dans 627 groupes de variétés ayant les mêmes propriétés génétiques (doublons), et 1419 accessions n'ont pas trouvées de compagnons génétiques dans tous les envois.

Les années futures apporteront peut-être de nouvelles associations de variétés, jusqu'ici ignorées.

 -  L'année 2016 a prolongé les recherches de séquençage par des feuilles de poiriers, un peu plus de 280 envois en direction d'Angers, les résultats

nous parviendront à l'automne de 2017.

 -  Des envois en 2017 ont eu lieu, courant Juin, en pommes et poires pour des résultats en 2018.

Soit 181 accessions de poires et 461 accessions de pommes, rien que pour les Croqueurs de Pommes. (différentes des précédentes pour la plupart)

  -  La fin de l'année 2017 nous apporte les résultats d'analyses des poires 2016 et 2017, soit sur 1665 envois reçus à l'INRA, 302 groupes de doublons

de sujets ayant le même génome, et 680 sujets isolés, car n'ayant pas de cousins-cousines dans l'ensemble des envois.

Comme pour les pommes, ces résultats rapprochent des noms très différents, pour des raisons de mauvaises identifications, de prélèvements érronés ou bien de synonymes inconnus . A suivre très certainement. Le tri appelle des volontaires pour remettre toutes ces données à leur place.

 -  Les résultats des pommes 2017 sont attendus pour le printemps 2018 .    H. Fourey.

 -  Les résultats en 2018, 468 pommes analysées font apparaître 151 nouveaux codes de fruits jamais analysés.

- En 2019 les résultats des envois de 2018 se soldent par 1225 pommes dont 642 Croqueurs et 320 poires dont 207 Croqueurs

- Suite des recherches d'identités en 2019 par l'envoi de 839 pommes par les Croqueurs sur 953

      et de 300 poires sur 338 au niveau national partenaires

- Cette année 2020 (perturbée) voit l'envoi de 450 pommes Croqueurs sur 600 totales

      et 230 poires Croqueurs sur un envoi total de 300

 -    Ce qui va rassembler un total supérieur à 11000 échantillons de pommes analysées entre tous les partenaires européens.

 - En 2021 les envois comportaient 767 pommes et 304 poires

 - Cette année 2022 l'envoi est de 565 pommes et 259 poires par les Croqueurs et les partenaires.  

       Tous ces résultats sont obtenus grâce à la généreuse collaboration de l'INRAE qui nous permets d'avoir tous ces détails.

       Il reste maintenant à simplifier et "nettoyer" ces résultats pour reconstituer les génomes possédant plusieurs synonymes.

       A ce jour Juin 2022  2992 codes différents ( Récap provisoire c'est le patrimoine réel des pommes Europe )

       Une autre étape de recherche ouvre la voie aux filiations et parentés de toutes ces "variétés" dans l'histoire de leurs obtentions.    H.F.

      A ce jour (fin2022) 9850 échantillons de pommes ont été analysés en France et 3420 de poires ce qui donne

1712 codes uniques de pommes et 661 codes uniques de poires,  soit 2373 total unique, mais pas définitif ! ! !

       En 2023 ont été envoyés uniquement par les Croqueurs 595 pommes sur un total national de 743

       et 260 poires sur un total de 430 .

Résultats à recevoir fin Avril 2024. Et donc recus en 2024  14530 résultats d'échantillons en pommes et poires (soit 10465 pom / 4065 py) dont environ 20% de spécimens uniques du patrimoine de la France

      Prévision 2024  un envoi d'environ 1500 échantillons a eut lieu en juin de pommes et poires à l' analyse.

Nous vous rappelons que l’adhésion à notre association permet de recevoir le bulletin national, lequel a fait et fera encore une large place aux résultats et commentaires sur les résultats de ces analyses.

                                                                          Adhérez vite   !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!